Het kabinet heeft in augustus 2006 de provincies Noord-Holland en Flevoland gevraagd om het voortouw te nemen bij het bepalen van een toekomstvisie op het Markermeer en IJmeer. Deze twee provincies zijn daarom met het project Toekomst Markermeer-IJmeer gestart. Zij doen dat samen met de gemeenten Amsterdam, Almere en Lelystad, met drie ministeries (V&W, LNV, VROM) en maatschappelijke organisaties (ANWB, Staatsbosbeheer, Natuurmonumenten) en de waterschappen. Ook andere overheden en organisaties zijn betrokken. Zij praten mee, brengen ideeën in en helpen zo mee aan maatschappelijk draagvlak voor een toekomst visie op het Markermeer en IJmeer.